产业学院实行潍坊科技学院党委、校务委员会以及产业学院理事会指导下的院长负责制，设置理事会、专家指导委员会，形成共建共管的组织架构。

理事会：负责审定产业学院的发展规划、年度工作计划、财务预算决算、工作绩效情况以及学院领导成员的聘任等重大事项。理事会成员由校企双方组成，理事长由潍坊科技学院副校长担任，行业、企业负责人担任副理事长或常务理事，理事会秘书长由产业学院院长兼任。

产业学院设院长1人，副院长（专、兼职）若干名，由理事会聘任。下设综合办公室、产教融合办公室、学生工作办公室，分别负责行政管理、教学实践、学生工作。

专家指导委员会：负责对产业学院的发展规划、人才培养、教学实践、科学研究、创新创业等提供咨询和指导。专家指导委员会由知名专家、企业高级技术人才、省部级以上工匠人才组成，专家指导委员会原则上每学期召开1次会议，临时会议可根据工作需要由委员会主任决定召开。